TCGA乳腺癌临床数据资源全面介绍---乳腺癌研究领域的全谱！

2006年，乳脑腺基因组所示谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）开发计划以多形功能性增生脑腺（GBM）、肺鳞状细胞会腺癌（LUSC）和卵巢氯化钙功能性囊脑腺（OV）开始为期3年的试点重大项目，2009年~2015年新一轮展开。到重大项目日和，TCGA网络研究课题教育工先为者已描述了33种乳脑腺子类10,000余举例伤寒变的分子本体相似功能性，并概念了很多分子本体亚型。TCGA包含的临床研究课题极其重要相似功能性代表者格描述功能性的文档整理。为确保准确可用这些具备基因组相似功能性的海量临床研究课题文档，近来TCGA完成一批重大成果，刊载格在CellPress集团的期刊。

本文对4年初5日刊载格Cell上的一文完成载入。文章总结以OS（总一共存期）、PFI（无进展时间延迟）、DFI（无伤寒时间延迟）和DSS（疾伤寒之外活到）为四个主要临床研究课题结果往南的TCGA泛乳脑腺临床研究课题文档人力资源（TCGA-CDR）通用文档库，并得出了每种乳脑腺子类的往南可用提议。TCGA临床研究课题文档可从基因组文档一共享空间（GDC）门户网站完整版，所有的分子本体文档在完整版。临床研究课题文档和分子本体文档可用举举例来说的标签本体，便于伤寒变的临床研究课题档案和抽样分子本体文档定位。

TCGA泛腺癌文档库文档流相似功能性

所示1A为临床研究课题文档定位和深入研究课题工具及4个主要临床研究课题往南新创和深入研究课题份文件的控制流,对33份初始登记和97份更进一步文档文件，一共33种乳脑腺子类111,60举例乳脑腺伤寒变的档案完成了处理。表格1为每个TCGA文档流的基本相似功能性。按原发抽样根据分子本体相似功能性选送每个文档流，皮肤黑色素腺（SKCM）的原发和重新分配炊两种子类都有，其它极寡数的原发与重新分配子类也有研究课题。

所示1. 临床研究课题文档定位和深入研究课题工具及4个主要临床研究课题往南新创和深入研究课题份文件控制流

表格1. TCGA 泛腺癌文档流相似功能性

临床研究课题结果往南OS、PFI、DFI和DSS

总一共存期（OS）很最重要，不同之处是概念OS惨案时模糊功能性最较差。但可用OS先为往南似乎丧失临床研究课题，因为非腺癌自杀身亡不一定能反映出微生物学、来袭功能性或对外科手术缓解。可用OS或需极短的随访小时；很多临床研究课题试验之中，通常使用比起随访小时较宽的DFI或PFI。针对原先TCGA临床研究课题文档，要预见短时临床研究课题随访时间延迟在来袭功能性乳脑腺子类结果的最重要功能性，因为似乎几年内就判读到临床研究课题惨案，在遇害年前已显现伤寒情开刀或进展。对来袭功能性不强的乳脑腺子类，伤寒变在数十乃至几十年后开刀，随访其间似乎无法判读更多惨案以赞同可靠结果供判断。该深入研究课题的用以是安全检查TCGA泛腺癌临床研究课题探测的比起优势和偏低，监督无论如何的深入研究课题和避免随访时间延迟小时偏低等缺陷。

深入研究课题全部TCGA临床研究课题文档后，结论如下：在文档可给予时，OS、PFI及DFI比起粗略，但基本上情形只能估算DSS。所示1B为33种全然相同乳脑腺子类的OS K-M斜率。尽管一共存深入研究课题不是TCGA主要前提，基本上乳脑腺子类一共存斜率与过往深入研究课题份文件相同一共存往南的实质上研究课题基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和较差级别增生腺（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好举值得注意。PFI、DFI和DSS的K-M斜率见所示1C–1E。

所示1 B-E临床研究课题文档深入研究课题

基于每种乳脑腺子类4个往南的判读小时计数平均随访小时及惨案或安全检查的之中位小时（表格2）。所有的之中位随访小时为22.1个年初，但全然相同子类乳脑腺该小时不同极大；GBM和急功能性髓系癌症（LAML）最短近12个年初，而肾嫌色细胞会腺癌（KICH）最久近48个年初。

表格2 总体之中位随访小时及4个往南的惨案与判读之中位小时

破举例可用的临床研究课题结果往南

临床研究课题结果往南必需一般来说研究课题前提、惨案使用量、文档流大小和结果文档质量。将这些工具和联合开发的其它工具先为为对单个疾伤寒文档库的检验和补充安全检查，得出在每种疾伤寒子类之中可用每个结果往南的提议及主因（表格3）。每种乳脑腺子类的一共存往南需要至寡通过一个主要检验和补充安全检查才被拒绝接受。33种腺癌之中的13种可用全部4个往南：食道尿路上皮腺癌（BLCA）、内膜鳞状细胞会腺癌（CESC）、结肠腺癌（COAD）、食管腺癌（ESCA）、黑纹鳞状细胞会腺癌（HNSC）、肾状细胞会腺癌（KIRP）、肺脑腺（LUAD）、LUSC、OV、胰脑腺（PAAD）、肉腺（SARC）、消化道脑腺（STAD）和子宫内膜腺癌（UCEC）。相反，不能一个往南的有嗜铬细胞会腺和副神经节腺（PCPG）。淋巴弥漫大B细胞会淋巴腺（DLBC）、LAML和胸腺腺（THYM）数一个往南；剩余乳脑腺子类2或3个往南，但其之中一些所持保留看法。最可靠的是PFI，可无保留地破举例给除LAML（无文档）、DLBC和KICH（小心谨慎可用）和PCPG（不破举例）外的4种。

表格3 往南OS,PFI,DFI及DSS的深入研究课题份文件与破举例可用

证明TCGA-CDR及案举例应用

在乳脑腺研究课题之中，甲状腺激素ER形容词伤寒变临床研究课题一共存期高血压比ER+伤寒变差。分别用OS、PFI、DFI和DSS更为这两类伤寒变的一共存期（所示3A–3D；斜率日和于10年随访小时，但可用整个文档库完成深入研究课题）。单考量深入研究课题显示，可用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）先为为临床研究课题往南，TCGA之中ER+乳脑腺伤寒变比ER-伤寒变有更佳的一共存期，但可用OS时两类伤寒变间不假定不同(p = 0.097) 。此外，两类伤寒变的DSS（p = 0.009）有很大不同，表格明DSS的潜在价数值。以上见到证实了PFI和DFI是特定子类乳脑腺分子本体研究课题的恰当往南。

所示3 证明和应用实举例

此外还证明了来袭功能性GBM一共存结果往南。TCGA之中GBM之中位OS为12.6个年初，介于此年前新闻报道的新标准外科手术的12.1个年初和新标准外科手术牵头替莫唑胺的14.6个年初间。之中位PFI是6.1个年初，介于此年前新闻报道的新标准外科手术5个年初和新标准外科手术牵头替莫唑胺的6.9个年初间。显然，TCGA文档库OS和PFI惨案小时与文献一致。随即印证OS和PFI先为为GBM分子本体研究课题的临床研究课题往南效度。

用Cox分之一高风险紧接三维确定高期（III、IV期）比起较差期（I、II期）乳脑腺伤寒变的高风险比（HR），证明4个往南的TCGA-CDR文档。由于DFI概念与其它结果的概念不一致，对破举例可用OS、PFI和DSS的14种子类乳脑腺更为logHR（表格3）。随后数对满足Cox分之一高风险假定的疾伤寒完成统计数字（所示3E–3G）。结果表格明，14种子类乳脑腺之中，除间皮腺（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素腺（UVM）外，高期对比较差期HR在3个破举例往南OS、PFI及DSS上突出居高不下。使用配对抽样的Wilcoxon秩和检验，当可用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）观测时，logHR有很大不同，显示疾伤寒进展和一共存往南在HR上假定系统偏差；OS与DSS间不能很大不同（p = 0.106）。对2个logHR数值的新标准误完成逆加权平均确定Pearson之外系数， 由logHR估算的3种结果有极很大时是之外：PFI和OS之外系数0.96（95%均值[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%均值：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%均值：0.61–0.98）。这些不同功能性潜在赞同临床研究课题晚期用PFI，后期用OS和DSS来先为往南。

除了定位分子本体文档，还为了让深入研究课题首次外科手术后无伤寒伤寒变与非无伤寒伤寒变到底显现全然相同的新惨案。TCGA-CDR之中29类乳脑腺的资讯用于补救该疑问，归属于伤寒变从诊断到完成首治并超出无伤寒长时间至寡活到3个年初。以LUSC为举例，有289举例无伤寒伤寒变和41举例长期非无伤寒伤寒变，NTE率一共有21.8%和68.2%。用Cox分之一高风险紧接三维，见到在非无伤寒伤寒变之中NTE高风险很大优于无伤寒伤寒变（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变动q数值＜0.05）。在另外21种乳脑腺子类之中也有相同结果（表格4）。全数7种之中不能判读到这些不同。我们也在深入研究课题份文件到底每个三维都满足分之一高风险假定，其之中有两个不符合，需要研究课题小时依赖功能性及多给定三维来寻找主因。

表格4 非无伤寒与无伤寒伤寒变NTE蓬勃发展对比

TCGA从世界功能性数百个站点整理伤寒举例，为补救临床研究课题文档全然相同站点间的可比功能性，需考虑文档完整功能性、和伤寒变相似功能性等。对每种疾伤寒而言，我们对比了年前两名备有伤寒举例数最多的秘密组织来源不明站点（TSS）与所有其它TSS的同种疾伤寒及4个结果往南（表格5）。

表格5 对来自年前两位TSS的每个乳脑腺子类研究课题结果完成更为

对于GBM等极具备来袭功能性的，年前两位TSS（#1和#2）的发伤寒人群与其它TSS比起相同的有OS、PFI和DSS，因惨案缘故寡难于深入研究课题不破举例DFI来先为往南。BRCA等很较差来袭功能性，强力破举例可用PFI和DFI，但提议小心谨慎用OS或DSS深入研究课题份文件。TSS #1的临床研究课题文档消除不好的OS和DSS，但不能判读到PFI不同；另外，表格面上TSS#1有更佳的DFI结果，数显现3举例 DFI惨案。这种表格里不一的自然现象表格明该站点的结果文档需进一步深入研究课题份文件。另一特别，TSS #2的4个往南结果与其它以外一致。

这个简单的结果更为表格明，当从特定结果深入研究课题整体TCGA的临床研究课题文档时，需要考虑TSS的全然一致的资讯。由于年龄、分段/分级及外科手术等考量影响全然相同TSS患伤寒人群的往南结果，TSS可以先为为这些和不全然临床研究课题脚注等其它未观测不同的替代。

潜在的混杂考量、垄断结果的

高风险及三维假定

对临床研究课题一共存往南深入研究课题来说，提议可用所处理的全部临床研究课题文档。但比起分子本体/基因组文档的定位深入研究课题，要同样两个特别。首先，破举例看法基于基线一共存三维，以分子本体亚型先为预见位点划定抽样集，有似乎摧残结果统计数字的很大功能性不同。因此，从互之外联功能性的TCGA分子本体文档或亚型TCGA-CDR结果文档之中得出的结论需在实质上的文档库之中进一步证实。

第二，我们提议数可用原发的分子本体文档，因为伤寒变初诊时，最重要小时的资讯等匹配的临床研究课题文档已整理比起完整。皮肤黑色素腺（SKCM）在TCGA子类之中更为特殊，470举例之中数103举例原发，其余296举例为原发均匀分布病变重新分配，68举例远端重新分配。这与更为寡整理到重新分配腺的其它TCGA乳脑腺子类形成鲜明。SKCM重新分配腺更为寡较强匹配的原发，而其它TCGA乳脑腺子类尽管更为寡有重新分配腺，但都较强匹配的原发抽样。因此，对于SKCM结果的不同功能性，提议只可用依赖功能性于使用量的原发伤寒举例，尽管SCKM病变重新分配的III期伤寒举例可先为为实质上组群完成研究课题。

在可用新定位的TCGA-CDR文档库时，还需要同样：潜在混淆考量、垄断结果的高风险及三维假定。

混杂考量

混杂考量假定但被考虑在三维之外时，偏差似乎高估或较差估真实。如在乳脑腺的种族不同研究课题之中，非裔与非裔伤寒变间假定最重要的基因表格达不同，然而根据分子本体亚型完成变动后，这种不同很大减寡甚至消逝。治果也是潜在的混杂考量，当的资讯可获取时应适当考虑变动。外科手术未知时，年龄、诊治医院及诊断最迟等新标准外科手术先为为替代的资讯能减寡部分数量级。对这特别的决策建模，鼓励可用标志物高血压研究课题提议份文件（REMARK）。

垄断结果的高风险

测定DSS、DFI和PFI往南时，要对不能境况最重要惨案且无伤寒的遇害伤寒变完成甄别。在这种情形，如果假定伤寒变不能其它自杀身亡，那她/他就此仍似乎活着于乳脑腺指征。然而，在估算外科手术等预见位点对继发功能性乳脑腺或心血管疾伤寒等非指数乳脑腺遇害高风险的预见能力时，该假定并不可取。

三维假定

应用Cox分之一高风险（PH）三维只能安全检查PH假定。除寡数案举例外，大基本上三维都满足Cox PH假定，但需进一步探索这些个案以找出遵守假定的主因，从而对HR得出结论更准确的估算。尽管从未为掩埋文档和补救疑问付出了前所未见努力，但仍假定最重要的可用限制，访问TCGA临床研究课题文档都只能了解这些限制。

首先，TCGA主要是为分子本体研究课题设计，以前伤寒举例必需来自多个机构较强恰当储备秘密组织的未外科手术原发伤寒举例，因此这些伤寒举例不密切之外连续功能性。此外，对于每种全然相同子类/研究课题，随访文档不能实质上整理。同时，临床研究课题文档整理的一些规则在过往不得不随着小时的推移而相反。TCGA - CDR不包含乳脑腺外科手术巨著，并非所有伤寒举例都被脚注。因此，深入研究课题特定子类或亚型的外科手术背景优于概况功能性泛腺癌深入研究课题。当伤寒变完成全然一致外科手术时，得益能用DFI和PFI往南直接深入研究课题。

其次，TCGA抽样临床研究课题随访根据当地诊所的小时表格，似乎为疾伤寒或特定部位的开刀和伤寒人最重要新生命长时间的记录，因此不能TCGA指定的临床研究课题随访开发计划，数得出重大项目主要强调的分子本体相似功能性。

最后，近乎所有TCGA给予的抽样和基因组及分子本体文档来自新诊伤寒变原发的单个薄片，由此消除的基因组和分子本体文档不能在空间或小时任何特别明确猎捕代表者格另一伤寒变结果给定的异质功能性。该疑问不是TCGA独有的，任何静态细菌功能性研究课题都假定。

展望

这项工先为是有巨著以来第一次新一轮行之有效处理TCGA泛腺癌临床研究课题档案。由此消除的TCGA-CDR的结果往南与实质上非TCGA研究课题结果一致，说明该人力资源在空年前规模的临床研究课题数量级上备有了生物观测新视角。也要预见TCGA-CDR的内在可用上都及极其重要功能性监督和破举例看法。从未更为明晰，有机体疾伤寒愿景大规模的分子本体研究课题只能行之有效整理临床研究课题伤寒理、外科手术和原由惨案文档，以坚所持高达新标准的临床研究课题。尽管有其上都，TCGA-CDR备有了通用文档库，以及清晰的4个临床研究课题结果往南导出，并补救了质量疑问，从而在泛腺癌和个体水平上完成转化成研究课题。愿景文档研究课题的融合将增加结果间的可比功能性，更佳地理解和赞同每一次。

参考档案

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics